13 yaşındayken Galatasaray'a transfer olan genç oyuncunun transferini ise, dönemin Galatasaray Altyapı Takımları hocalarından Recep Yazıcı, bir röportajda şöyle anlatmıştır; "Galatasaray'ın altyapı takımı olarak Atışalanıspor'la hazırlık maçı yapmıştık, Emre Çolak daha 13 yaşında olmasına rağmen ayağına inanılmaz hakim bir oyuncu olarak gözüme çarpmıştı. Maç boyunca kendisini beğenerek izledim. Rakip takımın antrenörü Emin Tetikli'den Emre'yi istediğimizde, ilk önce onu vermek istemedi. Tetikli, 'Tamam' yanıtını verince, Emre Çolak da Galatasaray altyapısında top koşturmaya başladı".[1] Galatasaray alt yapısındayken ise; dönemin altyapı hocaları Recep Yazıcı, Halim Fıçıcı ve Ahmet Keskinkılıç’ın elinde yoğrulan Emre Çolak için hocaları, "O bizim baştacımız, Galatasaray’ın gelecekteki en önemli yıldızlarından biri olacak" ifadesini kullanırken, kendisi ise, idolünün "Arda ağabey" diye seslendiği Arda Turan olduğunu dile getiriyordu.[2] 2004 yılından beri Galatasaray Altyapı Takımlarının çeşitli kademelerinde oynayan Emre Çolak, 2009 yılında ise Galatasaray A2 takımından Galatasaray A Takımının 2009 yılı yaz kampına dahil edilen oyunculardan biri olmuştu. Galatasaray A Takım formasıyla ilk resmi maçı ise Galatasaray'ın Denizli Belediyespor'u 5-1 mağlup ettiği 17 Ocak 2010 tarihinde oynanan Ziraat Türkiye Kupası maçıdır. Bu karşılaşmanın 46.dakikasında Galatasaray Teknik Direktörü Frank Rijkaard tarafından Caner Erkin'in yerine oyuna dahil edilen Emre Çolak, ilki 62.dk.'da penaltıdan ve diğeri de frikikten 65.dk.'da olmak üzere, aynı zamanda A takım formasıyla çıktığı ilk resmi maçta 2 gol birden atan ender futbolculardan da biri olmuştur.